قائم على أنقاض معبد وثنيّ للإله الفينيقيّ "إيل"، إله اللجج والأعماق ؛ شكّل دير سيّدة إيليج مقرّا لإحدى محطّات الطريق الرومانيّ عبر ضفاف العاصي وبعلبك إلى ساحل فينيقيا الشماليّ. وخلال تنقّلاتهم بين أنطاكية وشمال فلسطين، يقال إنّ الرّسل القدّيسين ساروا على هذه الطريق وينسب إليهم تحويل المعبد إلى بناء مسيحيّ.
ثاني مقرّ بطريركيّ ماروني لبنانيّ بعد يانوح، لجأ البطاركة إلى وادي إيليج. فحين دمّر دير مار مارون العاصي، فرّ .البطاركة إلى جبال لبنان العصيّة ووديانه الصّعبة المسالك، عبر الطريق الرومانيّ، من اليمّونة إلى يانوح ثمّ إيليج